1987 年无疑是王祖贤演艺生涯的重要转折点。在徐克、程小东联手打造的经典电影《倩女幽魂 1：妖魔道》中，她成功饰演女鬼聂小倩。最初，王祖贤并非小倩的第一人选，但她主动毛遂自荐，穿上飘逸的雪纱裙，梳上发髻后的她，完美契合了小倩的形象，当即让徐克和程小东另眼相看。这部影片成为香港电影的永恒经典，“小倩” 的形象不仅在中港台地区风靡一时，更远播日韩和东南亚地区，使王祖贤成为在当地最受欢迎的外国女演员之一，也让她在华人电影史上占据了重要的一席之地。1989 年，王祖贤主演的电影《飞越阴阳界》尚未推出，即被韩国有邻电影交易公司出价十五万美元商购韩国著作权，同年日本东京国际影展大会也邀请该片参加灵异片类展映。9 月上映的《潘金莲之前世今生》中，王祖贤首次一人分饰两角，影片延续了她妖艳诡异的风格，展现了她出色的演技。同一年，她主演的电影《赌神》上映，该片引领了港产赌片的风潮，在当年创下了 4000 万港元的票房成绩。1990 年，《倩女幽魂 2：人间道》以 2080 万的成绩排在当年全年票房榜的第六位，王祖贤也因此与张曼玉、钟楚红、关之琳并称 90 年代初香港影坛 “四大名旦”，她的一双美腿还被日本杂志封为 “东洋、东南亚第一脚线美” 。1991 年，《倩女幽魂 3：道道道》上映，该片幽默与搞笑成分比前两部更多，王祖贤凭借此片获得了第二十五届西班牙锡切斯奇幻电影节最佳女主角。1992 年，王祖贤出演电影《画皮之阴阳法王》，她在片中白袍罩身，面孔素净，眼神寒心，一扫往日美艳浮华之气。然而，此片因风格因循守旧、故事暧昧不清，导致观众不买账，在香港上映的票房仅有 31 万 。1993 年，电影《东方不败之风云再起》中王祖贤饰演东方不败的侍妾雪千寻，影片中有大量反串男装的戏份，其冷艳凄美之感令人印象深刻。同年，她与张曼玉主演的电影《青蛇》上映，该片导演徐克最初属意巩俐和梅艳芳合作，但因档期问题未能如愿，王祖贤和张曼玉的组合却带来了意想不到的奇妙效果，王祖贤将白蛇的妖性展现得淋漓尽致。同年，王祖贤参演的电影《城市猎人》上映，她在影片中出演的素秋师妹一改往日的玉女形象，成为搞笑担当。